I dagsläget är det fortfarande relativt ovanligt med kastrering små gnagare. Mest förekommande är kastration av hanmarsvin och hanråttor. Ibland händer det dock att vi även får in hamster, chinchilla, degu och flygpungekorre för kastrering. Oftast är anledningen till detta att hanen lever med en hona, som ägaren inte vill ska få ungar.
Till skillnad från hos andra djurslag påverkas inte temperamentet hos marsvin speciellt mycket av en kastration. Ifall två hannar inte fungerar tillsammans är det alltså inte alltid så att en kastrering blir lösningen på problemet.
Vid dagen för operation får djuret gärna komma i en transportbur och de behöver ha med hö och pellets att äta under dagen. De ska alltså INTE vara fastande.
Oavsett djurslag är operationsmetoden vanligen densamma. Man gör ett snitt i huden över testikeln, knyter av blodkärl och sädesledare och avlägsnar därefter testikeln. Hudsåret sys sedan igen. Undantaget från denna metod är flygpungekorrar. Hanens testiklar sitter hos dessa i en liten hudpåse som dinglar från magen i en lång ”stjälk”. Hos dessa djur avlägsnas hela den lilla påsen med sitt innehåll.
Precis som med kanin gäller för de flesta andra djur att det finns könshormon kvar i blodbanorna, samt färdiga spermier kvar, varför hanen fortfarande kan para en hona och göra henne dräktig under ca 3 veckor efter operationen.
För närvarande är det mycket ovanligt med rutinmässig kastrering av små gnagarhonor. Detta är något som förhoppningsvis kommer att förändras i framtiden. När det gäller råttor och marsvin kan kastration av honan nämligen ha stora sjukdomsförebyggande fördelar.
Vuxna råtthonor utvecklar mycket lätt juvertumörer. Vanligen är dessa tumörer godartade, det vill säga sprider sig inte till inre organ. Dock kan de växa sig groteskt stora och därmed orsaka råttan mycket obehag och leda till sårinfektioner. Tillväxten av juvertumörer stimuleras hos råttor av deras könshormon. Om råttan kastreras vid ung ålder minskar risken nästan helt att hon senare kommer att utveckla juvertumörer.
Hos marsvin är det i stället äggstockscystor som är det stora problemet. Cystor i äggstockarna är mer regel än undantag hos en hona över 3 års ålder. Hos merparten av honorna orsakar cystorna inga besvär. Hos en del honor kan det dock bli problem. Vissa honor drabbas av håravfall som oftast börjar i ljumskarna och sedan sprider sig ner över buken och längs sidorna av bålen. Hos andra honor blir cystorna i äggstockarna med tiden så stora att rörligheten begränsas, och det kan till och med bli problem för marsvinet att äta normala mängder foder eftersom utrymmet i bukhålan blir begränsat. Om marsvinet i stället kastreras som ung slipper hon helt denna typ av sjukdomsproblem.
Hos både unga råtthonor och marsvinshonor görs ingreppet med fördel i flanken (ljumsken). Hos enstaka djur räcker det att gå in på ena sidan, och man lyckas ändå komma åt att operera ut båda äggstockarna. Hos de flesta djur görs dock ett litet snitt på vardera sidan. I och med att operationssåren blir små och inte nöts mot underlaget, minskar komplikationsrisken rejält.